又一个暑假到来，大雄、静香、胖虎和小夫组成一个小组，共同进行海洋研究。在图书馆查资料时，大雄被《金银岛》的精彩故事所吸引，竟突发奇想打算出海寻找宝藏。适值此时，南太平洋海域传来发现宝藏的消息，哆啦A梦经不住大雄的软磨硬泡，同意展开这次寻宝大冒险。小伙伴们相继聚到一起，将目标锁定在加勒比海域一个名叫多摩斯的小岛上。他们的旅程原本充满乐趣，但是突发很快便发生。小伙伴们遭遇时空错乱，阴差阳错来到了17世纪。大雄被浪头冲走，下落不明。哆啦A梦等人被一艘海盗船救下，却弄丢了一次元空间袋。海盗船船长吉德正准备前往金银岛寻找失踪的哥哥和侄子。哆啦A梦他们随船前往，殊不知更大的冒险即将到来豆瓣明明是在加勒比海，怎么片名是南海？又是时空犯罪，时空巡逻队照例是不到最后不来。大雄偶尔也有运气好的时候，一下子就戳中了宝藏的所在。这回真是麻烦大了，蓝胖子的口袋丢了，只剩几件威力一般的道具，加勒比的海盗起了大作用，基德大人也做了海盗船的船长。那个叫利维坦的基因杂交怪兽就这么让它跑了，时空巡逻队也不捕捉。反派的基地的外形像东方明珠电视塔，有那么多高科技，能够改造动物的基因，却要抓人来做奴隶。海豚还有粉红色的，还会通过心灵感应与人交流，居然还是时空巡逻队的成员。胖虎这次也把妹了，还是加勒比海盗的女儿，女汉子，难得还有人喜欢听他唱歌，胖虎也不好好把握。那个海盗的儿子小杰克，长大后就成了著名的杰克船长吧。最后道别之际，海盗船的风帆上画了巨幅的蓝胖子图案，这大概是最早的哆啦A梦动漫主题船，这群海盗是最早的哆啦A梦的fans吧。这一部的主题歌的主唱换人了。